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La chiesa, mirabile esempio del Barocco palermitano, venne fondata il 15 aprile del 1599 da Fra Leonardo Gallici, terziario dell'ordine dei Minori Osservanti, l'Unione dei Miserenimi, il cui compito era quello di celebrare numerose messe giornaliere in suffragio delle anime del Purgatorio. Inizialmente la prima chiesa dei Miserenimi era ubicata sul lato opposto dell'attuale, di epoca normanna e sempre dedicata a San Matteo, successivamente la crescente devozione del popolo palermitano verso le anime purganti rese necessaria la costruzione di un nuovo luogo di culto. L'ampliamento della chiesa si rese possibile solo quando, il giureconsulto palermitano Mario Muta, nel 1631, donò i suoi beni immobili all'Unione, comprendenti un palazzo con annesso giardino posti di fronte la vecchia chiesa normanna. 

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L'attuale chiesa venne iniziata nel 1633 e consacrata nel 1647, nota fin da subito per il fatto che al suo interno venivano celebrate 100 messe in ognuna dei dodici altari delle navate laterali, sottolineando la missione dell'Unione dei Miserenimi verso le anime del Purgatorio.

L'edificio venne progettato dall'architetto del Senato di Palermo, Mariano Smiriglio, presenta uno schema basilicale a tre navate diviso da arcate sorrette da colonne in marmo grigio di Billiemi. Il progetto decorativo venne affidato nel XVIII secolo all'architetto Francesco Ferrigno comprendenti stucchi, affreschi e tarsie marmoree. 

L'apparato decorativo rivela, a colui che guarda, la missione compiuta dall'Arciconfratenita dei Miserenimi, ovvero la salvezza delle anime. A ciò contribuisce la tela dell'"Angelo Custode" di artista ignoto, posto nella cappella di fondo della navata sinistra, l'angelo si pone qui come guida cooperante alla salvezza delle anime. Collocata nel transetto sinistro è la "Messa di San Gregorio", il Santo è il patrono delle confraternite consacrate al conforto dei defunti, a lui si deve la pia pratica delle trenta messe continue, dette appunto gregoriane, per liberare un'anima dal Purgatorio. Alla liberazione delle anime contribuisce anche il rilievo in stucco al di sopra del portale d'ingresso, realizzato da Giacomo Serpotta nel 1729, le anime si rivolgono verso il Cristo salvifico, mentre un angelo pone in una cassetta l'obolo della carità raccolto tra i fedeli. Infine, il grande affresco raffigurante il "Trionfo delle Anime Purganti" posto lungo la navata centrale. 

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Orari di apertura: attualmente chiusa per lavori strutturali