La cripta occupa la parte sottostante dell'intera navata centrale e ancora mostra numerosi loculi muniti di poggiatesta in marmo per la deposizione dei cadaveri. Ad essere sepolti in questa cripta, oltre ai membri dell'Unione dei Miserenimi anche personaggi illustri come Giacomo Serpotta e Vito D'Anna. 

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Orari di apertura: attualmente chiusa per lavori strutturali